『ＫＩＳＳ×１０００ 昔、ＫＩＳＳ部というサークルがありました』
そんなある日、『昔、ＫＩＳＳ部に入りたかったけど、あと一歩踏み出すことができなかった』
という女が、彼の住居に訪ねてきた。
・・・彼は昔、学生時代の頃に、『ＫＩＳＳ部』というサークルに入っていたらしいのだが・・・
何故か今は、その記憶がほとんど残っていない。その理由は、一体・・・
２００１年からスタートした『ＫＩＳＳ×』シリーズも、
とうとう十作目になりました。
『キスをした相手の意識を、過去の時間軸に飛ばしてしまう』という、
とてつもない能力が・・・
女の名前は、九津八津（ここのつ・やっつ）。
八津には、不思議が能力があった。
・・・とある青年、転城銃夜（てんじょう・じゅうや）は、抜け殻のような日々を送っていた。
記念すべき『ＫＩＳＳ×１０００』の、あらすじは・・・
・・・八津の力によって、銃夜の意識は、ＫＩＳＳ部にいた頃の
過去へと飛ぶことになってしまった。
・・・果たして銃夜は、ＫＩＳＳ部にいた頃に、どのような日々を
送っていたのだろうか・・・